Это не имеет ничего общего с компилятором - если вы нажимаете F5 для его отладки, а не Ctrl-F5 для запуска без отладки, тогда VS не показывает приглашение. Предположительно это сделано для того, чтобы вы не пропустили какой-либо вывод, который он производит.
Для этого Visual Studio запускает cmd.exe, сообщая ему о запуске исполняемого файла, а затем делает паузу:
"C:\WINDOWS\system32\cmd.exe" /c ""...\ConsoleApplication1.exe" & pause"
Вероятно, это не происходит при отладке, так как немного сложнее получить идентификатор процесса дочернего процесса дочернего процесса.
Чтобы добавить аналогичную опцию к вашей программе, либо используйте переключатель командной строки, чтобы заставить само приложение приостановить работу, либо используйте пакетный файл для его запуска, затем сделайте паузу, либо используйте ярлык с ними cmd.exe /c
.