Каков наилучший способ управления / сохранения результатов из posthoc.krukal.dunn.test () или dunn.test () - где мои входные данные находятся в формате данных? - PullRequest
Новая
       55

Каков наилучший способ управления / сохранения результатов из posthoc.krukal.dunn.test () или dunn.test () - где мои входные данные находятся в формате данных?

0 голосов
/ 25 апреля 2019

Я новичок в программировании на R и ищу помощь в анализе данных по метаболомике - 118 метаболитов с 4 состояниями (3 повторения на условие).Я хотел бы знать, для каждого метаболита, какие условия значительно отличаются от каких.Вот часть моих данных 

> head(mydata)
  Conditions   HMDB03331   HMDB00699   HMDB00606    HMDB00707    HMDB00725    HMDB00017  HMDB01173
1 DMSO_BASAL 0.001289121 0.001578235 0.001612297 0.0007772231 3.475837e-06 0.0001221674 0.02691318
2 DMSO_BASAL 0.001158363 0.001413287 0.001541713 0.0007278363 3.345166e-04 0.0001037669 0.03471329
3 DMSO_BASAL 0.001043537 0.002380287 0.001240891 0.0008595932 4.007387e-04 0.0002033625 0.07426482
4   DMSO_G30 0.001195253 0.002338346 0.002133992 0.0007924157 4.189224e-06 0.0002131131 0.05000778
5   DMSO_G30 0.001511538 0.002264779 0.002535853 0.0011580857 3.639661e-06 0.0001700157 0.02657079
6   DMSO_G30 0.001554804 0.001262859 0.002047611 0.0008419137 6.350990e-04 0.0000851638 0.04752020

Это то, что я имею до сих пор.

Я узнал первую строку из этого сообщения 

kwtest_pvl = apply(mydata[,-1], 2, function(x) kruskal.test(x,as.factor(mydata$Conditions))$p.value)

и вот где я перебираю метаболит, прошедший тест на KW 

tCol = colnames(mydata[,-1])[kwtest_pvl <= 0.05]

for (k in tCol){
  output = posthoc.kruskal.dunn.test(mydata[,k],as.factor(mydata$Conditions),p.adjust.method = "BH")
}

Я не уверен, как управлять моим output таким образом, чтобы легче было управлять всеми метаболитами, прошедшими тест на KW,Возможно, сохраняя результат каждой итерации, добавляя к Excel?Я также попробовал пакет dunn.test, так как у него есть опция вывода таблицы или списка.Тем не менее, это все еще оставляет меня в той же точке.Вроде застрял здесь.

Более того, должен ли я также выполнить какое-то скорректированное значение p, то есть FWER, FDR, BH сразу после теста KW - перед выполнением теста posthoc?

Буду признателен за любые предложения.

...