Это должно быть хорошо, мы используем разнесенные WAR в разорванных EAR в JBoss 4.2, и это нормально.
Однако следует остерегаться способа развертывания. Если у вас есть разорванное EAR, и вы начинаете копировать его в каталог развертывания JBoss, возможно, сканер развертывания JBoss обнаружит EAR в процессе копирования и обнаружит неполное EAR. Это может быть то, что с тобой происходит.
Чтобы проверить это, попробуйте скопировать EAR в развертывание при завершении работы JBoss, а затем запустить его.
В противном случае попробуйте опубликовать текстовое представление структуры каталогов EAR.