Если ваша папка, содержащая ваши html-файлы, объявлена как папка ресурса, они должны быть скопированы рядом с результатами вашей сборки java.(расположение ресурса по умолчанию: src / main / resources). Вы можете редактировать их динамически.
В случае, если этого недостаточно для ваших нужд, быстрое решение может состоять в создании символической ссылки, при условии, что ваше приложение может следовать по символическим ссылкам (я предполагаю, что java прекрасно справляется с этим по умолчанию)
Другой вариант - настроить приложение так, чтобы оно указывало местоположение ресурса, из которого предоставляются html-файлы, используя файл конфигурации, загруженный вашим приложением, или даже просто аргумент командной строки при выполнении jar-файла.(например, переход на разработку / производство, где ожидаются ресурсы)