Ну, для меня Mono выглядит гораздо более полным портом с гораздо большей поддержкой.
Судя по веб-сайту, DotGNU, похоже, говорит о том, что людям не следует использовать .NET, так же как и о предоставлении жизнеспособной альтернативы. Многие ссылки (такие как «последние изменения»), похоже, никуда не годятся.
Mono, с другой стороны, явно находится в стадии активной разработки, поддерживает новый DLR, внедрил поддержку C # 3.0 и LINQ, доступен для установки из пакетов для нескольких платформ, имеет рабочую документацию и т. Д. Победитель кажется довольно ясным для меня.