Ответ очень прост, мой сервер использует имя программы пассажира, официальный сайт для получения дополнительной информации: https://www.phusionpassenger.com/
Теперь ошибка очень просто; пассажир не может найти мое приложение , все, что я сделал, это переместил свой проект и папку приложения на один и тот же слой passenger_wsgi.py, и он работает как шарм.