См. https://www.jetbrains.com/help/idea/work-on-several-features-simultaneously.html
Полку легче использовать в IDE - она лучше интегрирована с пользовательским интерфейсом. Он также работает независимо от используемой VCS.
Stash специфичен для git. С точки зрения функциональности, stash в командной строке, вероятно, более мощный, но не все функции stash поддерживаются в IntelliJ UI, поэтому в IDE stash и shelve, скорее всего, даже. Если вы не используете другие git-клиенты, Shelve должен нормально работать для вас.