Если информация четко разделена на пробелы, почему бы не использовать эту информацию для разделения строки на пробелы и создания результирующего списка словарей.
Если у нас есть несколько пробелов, мы можем игнорировать эти пробелы при разделении, используя re.split
import re
#List of strings
li = [ "10:12:01 R1 3 E44", "11:11:01 R100 E400"]
#List of kyes
keys = ['time', 'id1', 'id2']
#Create the dictionary from keys from keys listand values obtained by splitting string on 2 or more whitespaces
result = [{keys[idx]:re.split(r'\s{2,}', s)[idx] for idx in range(len(keys))} for s in li]
print(result)
Выход будет
[
{'time': '10:12:01', 'id1': 'R1 3', 'id2': 'E44'},
{'time': '11:11:01', 'id1': 'R100', 'id2': 'E400'}
]