Не прибегая к некоторым более сложным трюкам, пытаясь манипулировать тем, где вы печатаете вещи в консоли, может быть проще создать строку в цикле:
num=int(input("Enter number"))
digits = []
while num!=0:
bin=num%2
num=num//2
digits.append(bin)
и впоследствии ее перевернуть:
print(digits[::-1]) #this will possibly need formatting.
Чтобы отформатировать это с пробелами, попробуйте:
print(" ".join(str(x) for x in L[::-1]))