Я не верю, что есть способ сделать то, что вы хотите, используя исключительно Automapper. Именно из-за слияния строк в один. Эта ссылка показывает, как вы можете, по крайней мере, отсоединить свой объект от желаемой структуры объекта, но тогда вам нужно будет написать логику для объединения адресов и телефонных номеров сотрудников.
http://martinburrows.net/blog/2016/01/18/automatic-unflattening-with-automapper
Напротив, чтобы облегчить поддержку вашего результирующего кода в будущем. Я бы порекомендовал создать несколько видов вашего объекта Employee, один для Employee, один для Address и один для Phone. Затем вы можете использовать EF для отображения ваших видов прямо на ваши объекты.