Есть плагин для GitHub в IntelliJ. Он знает ветку, над которой работает.
Как бы вы получили имя этой ветви и добавили его в системные свойства, используемые при запуске сервера в IDE?
Это будет эквивалентно примерно так:
-Dthevariableforbranchnumber=${some.branch.number}