Я бы определенно посмотрел на фабрику контроллеров Castle Windsor в MVC Contrib, если вы используете Castle для IOC с приложением ASP.NET MVC.
Поскольку Moq полностью отделен от самого приложения в тестовой части кода, я не вижу причин, по которым на дороге будут какие-то неровности. Я использовал Moq с парой приложений ASP.NET MVC с Castle Windsor IoC и в приложении, где я использовал Subsonic (хотя и не в приложении ASP.NET MVC), и у меня нет жалоб.