М-ч, во-первых, я не стал бы связываться со скриптом установки, но запустил бы его один раз, а затем отредактировал полученный файл конфигурации lighttpd (webconsole.conf в вашем случае).
Затем вам нужно зарегистрировать скрипты Python для CGI, как это делается для Perl в скрипте установки. Вы можете добавить строку
cgi.assign = ( ".py" => "/usr/bin/python" )
под соответствующей строкой .pl, что сделает Python другой опцией CGI для / web-console / path (посмотрите документы lighttpd, если вы хотите зарегистрировать .py как CGI в любом пути).
Затем ваш Python CGI-скрипт app1.py, app2.py, ... должен соответствовать спецификации CGI, которая, если я вспоминаю correclty, передает параметры URL как переменные среды. Таким образом, вы не можете просто использовать sys.argv. Я уверен, что есть модуль Python, который выполняет извлечение параметров для вас. (В Perl модуль CGI Линкольна Стейна может использовать как аргументы env, так и аргументы командной строки, но я не уверен насчет Python).