Вы используете тот же файл меню для ящика навигации, что и элементы меню.
Создайте другой файл меню R.menu.menu_main
или все, что вы хотите для своих пунктов меню (один с тремя точками), он будет содержать SearchView.
Создайте еще один файл меню R.menu.menu_navigation
для ящика навигации, он будет содержать элементы Камера, Галерея, Контакты, Соединение, а затем прикрепите этот файл меню к ящику навигации.