Я никогда не использовал Kudu специально для развертывания в среде ботов;MSBF поддерживает использование AZ CLI для развертывания (хотя это выглядит достаточно похоже в том смысле, что это «развертывание zip»).При этом, возможно, метод развертывания Kudu каким-то образом откладывается.
Один из вариантов, который вы можете попробовать, - включить непрерывное развертывание через Github.Это так же просто, как авторизация Azure для просмотра репозитория github, в котором находится ваш код бота. 
В Bot Framework есть инструкции здесь .