Если вы запускаете swf из приложения C #, внешний интерфейс будет работать нормально. Ничего не изменится со стороны флэш-памяти, но вам нужно пройти через пару обручей, чтобы заставить его работать в C #. Это не так просто, как AMF или внешний интерфейс к JS.
Все сообщения в C # преобразуются в XML с описанием данных, и вам нужно написать XML для отправки обратно на флэш-память. Кроме того, это относительно просто.
Вот некоторая информация о том, как это сделать. Часть AS - это Flash 8 / AS2, но часть C # должна сказать то же самое.