Я не думаю, что вы можете контролировать это в своей модели.
Есть 2 способа управления этим.
Вы можете восстановить макет из ранее сохраненного (по умолчанию) макета всякий раз, когда
приложение запускается в первый раз или
Вы можете настроить XAML для использования исходного макета по своему усмотрению (предпочтительное решение)
Для второго варианта:
Вы можете использовать привязку XAML в DockingManager классе для реализации ваших требований:
См. Пример TestApp для полной реализации приведенного ниже фрагмента (просто измените LeftSide на BottomSide, чтобы увидеть эффект):
<avalonDock:DockingManager Grid.Row="1">
...
<avalonDock:LayoutRoot.LeftSide>
<avalonDock:LayoutAnchorSide>
<avalonDock:LayoutAnchorGroup>
<avalonDock:LayoutAnchorable Title="AutoHide1 Content" ContentId="AutoHide1Content" IconSource="/AvalonDock.TestApp;component/Images/address-book--pencil.png" >
<TextBox Text="{Binding TestTimer, Mode=OneWay, StringFormat='AutoHide Attached to Timer ->\{0\}'}"/>
</avalonDock:LayoutAnchorable>
<avalonDock:LayoutAnchorable Title="AutoHide2 Content" ContentId="AutoHide2Content">
<StackPanel Orientation="Vertical">
<TextBox/>
<TextBox/>
</StackPanel>
</avalonDock:LayoutAnchorable>
</avalonDock:LayoutAnchorGroup>
</avalonDock:LayoutAnchorSide>
</avalonDock:LayoutRoot.LeftSide>
</avalonDock:LayoutRoot>
</avalonDock:DockingManager>