Я бы не разделил его после, если бы у вас был доступ к серверу через ssh, вы могли бы (и, на мой взгляд, должны) сделать что-то вроде этого:
for table in `mysql -u [USER] -p[PASSWORD] -N -B -e 'show tables from [DATABASE]'`;
do
mysqldump --skip-comments --compact -u [USER] -p[PASSWORD] [DATABASE] $table > $table.sql
&& tar -czvf $table.tar.gz $table && rm $table.sql
done;
, что должно генерировать один файл на таблицу.Затем просто .gz в любой каталог, в который вы поместили файлы, и у вас должна быть резервная копия в том виде, в каком вы хотите.