Обновление R до 3.6 - пакет утилит не может быть загружен - PullRequest
Новая
       32

Обновление R до 3.6 - пакет утилит не может быть загружен

1 голос
/ 04 июня 2019

Я пытаюсь обновить R с 3.4.4 до 3.6.0 на довольно старой версии Ubuntu xenial.

Я следовал этим инструкциям: здесь

Вот шаги, которые я предпринял:

  1. sudo apt-get удалить r-base-dev
  2. echo 'deb https://cloud.r -project.org / bin / linux / ubuntu trusty-cran35 /' | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
  3. sudo apt-get update
  4. sudo apt-get install r-base-dev

Моя версия R обновляется до 3.6, однако всякий раз, когда я запускаю R в консоли, я получаю следующие сообщения: 

Error: package or namespace load failed for ‘utils’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: file(con, "r")
  error: cannot open the connection
Error: package or namespace load failed for ‘stats’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: file(con, "r")
  error: cannot open the connection
During startup - Warning messages:
1: In file(con, "r") :
  cannot open file '/etc/os-release': Permission denied
2: package ‘utils’ in options("defaultPackages") was not found
3: In file(con, "r") :
  cannot open file '/etc/os-release': Permission denied
4: package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found

Это вывод файла / etc / os-release. Я сделал chmod до 666, но ничего не изменилось. 

NAME="Ubuntu"
VERSION="14.04.5 LTS, Trusty Tahr"
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
PRETTY_NAME="Ubuntu 14.04.5 LTS"
VERSION_ID="14.04"
HOME_URL="http://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="http://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="http://bugs.launchpad.net/ubuntu/"

Вот вывод моих libPaths. 

> .libPaths()
[1] "/home/myuser/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

Я не могу установить пакеты в R. Любая помощь будет оценена.

К вашему сведению - на машине установлен сервер rstudio, который я вообще не трогал.

1 Ответ

1 голос
/ 04 июня 2019

Хорошо, я сделал следующее:

  1. Деинсталлированная предыдущая версия - sudo apt-get remove r-base-dev
  2. Загружено из источника - wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.0.tar.gz
  3. Следовал этим инструкциям здесь
  4. После установки пути я запустил R, и он все еще не работал, однако я понял, что он смотрит на /usr/bin/R, который по какой-то причине мог быть неправильным двоичным файлом для использования.
  5. Я удалил этот файл и создал символическую ссылку на свежую установку - sudo ln -s /opt/R/3.6.0/bin/R /usr/bin/R
  6. Тогда это сработало как шарм.

К вашему сведению - на предыдущих этапах я остановил rstudio-сервер на случай, если он не заблокирует какие-либо файлы. Я потом переписал, и все хорошо.

...