Я сделал это, используя ITextSharp - есть коммерческие варианты, которые могут иметь хороший API, но это открытый исходный код, бесплатный и не сложный в использовании.
Проверьте этот код , это один из их примеров кода - он довольно хорош. Он разделяет PDF-файл на два файла по переданному номеру страницы. Вы можете изменить его, чтобы зацикливать и разбивать страницу за страницей.