Я думаю, вы могли бы сделать что-то вроде этого:
ConsoleAppender a = (ConsoleAppender) Logger.getRootLogger().getAppender("stdout");
a.setLayout(new PatternLayout("%d{HH:mm:ss} %-5.5p %t %m%n"));
Конечно, вы должны изменить тип Appender в соответствии с тем, который вы используете, и вам, возможно, придется заменить «Logger.getRootLogger ()» на вызов для извлечения регистратора, к которому фактически присоединен ваш appender.