Вы можете написать свою собственную функцию, чтобы обернуть неприятно выглядящие биты, например:
def my_xpath(doc, ns, xp);
num = xp.count('/')
new_xp = xp.replace('/', '/{%s}')
ns_tup = (ns,) * num
doc.findall(new_xp % ns_tup)
namespace = 'http://www.molpro.net/schema/molpro2006'
my_xpath(root, namespace, '/molpro/job')
Признаюсь, это не так весело, но, по крайней мере, вы сможете читать выражения xpath.