В идеале и теоретически, вы не должны фиксировать что-либо непосредственно в ветке master. Как вы сказали, вы должны объединить коммит из другой ветки.
Но практически ничто не мешает вам сделать это, потому что, в конце концов, это стандартная ветка git, даже если она создана с использованием рабочего процесса gitflow.