Сценарий пользовательских данных запускается как пользователь root
, у которого есть разрешение на изменение любых файлов на диске.
Так что, да, вы можете поместить в скрипт команду, которая будет редактировать /users/ec2-user/.aws/config
(или любой другой каталог пользователя, который вы используете).