Я нашел решение.
...
Map<String, String> config = new HashMap<>();
config.put("key1", "value1");
config.put("key2", "value2");
TestCordapp flow = TestCordapp.findCordapp("my.cordapp.flow").withConfig(config);
TestCordapp state = TestCordapp.findCordapp("my.cordapp.state");
driver(
new DriverParameters(Arrays.asList(flow, state))
...
Поэтому вместо того, чтобы DriverParameters автоматически находил CordApps, я предоставил им конфигурацию.
Спасибо Cais Manai за указание на DriverParameters.