Вот что я иногда делаю, допустим, что мы проводим рефакторинг, и класс устарел, я просто перемещаю подозрительный файл из Flex Builder на рабочий стол, перестраиваю проект и проверяю, не выдает ли компилятор какие-либо ошибки.
Если он не жалуется, я знаю, что могу безопасно удалить его.
Если от вашего класса зависит, компилятор выдаст несколько ошибок на панели «Проблемы» в Flex Builder и даст вам достаточно четкий намек на то, чего не хватает.
Это не будет весело, если у вас есть тысячи классов, так как вы должны проходить их один за другим.
Я бы посоветовал всегда сохранять копии старых в Subversion, на тот случай, если у вас есть что-то, что можно использовать повторно, и позже вы захотите восстановить удаленный файл.