Не уверен, что это помогает, но я обычно стараюсь использовать цвета, с которыми люди знакомы в реальной жизни:
Есть проблема / проблема? Тогда красный.
Нужна осторожность? Тогда Желтый.
и т.д ...
A List Apart содержит несколько полезных материалов, касающихся дизайна пользовательского интерфейса в целом, которые могут помочь ответить на ваши вопросы.