Я очень сомневаюсь, что файлы не изменяются, если git сообщит вам об этом. У меня никогда не было такой проблемы.
Несколько вещей, о которых я могу подумать, могут создать модификацию, даже если вы не понимаете:
- Используемая вами IDE может создавать файлы проекта, которые вы не реализовали; хотя, судя по всему, это не так для вас.
- Есть ли в вашем коде что-нибудь, что могло бы сгенерировать некоторые файлы для вас? Когда вы запускаете его или даже что-то изменяете, могут быть изменения или творения, основанные на этом. Я не знаю много о php, но, например. Файлы xsd могут быть настроены для создания java-материалов для вас.
- Вы случайно применили git stash? Если вы уже использовали git stash и применили его, ваши предыдущие изменения могут быть добавлены.
- Все, что за пределами проекта вносит эти изменения в ваше локальное хранилище.
Я добавлю, если смогу придумать что-нибудь еще, но вряд ли это мерзавец.