Вам придется общаться через какой-то прокси. Создайте свой прокси-сервер в java и заставьте его слушать порт, к которому подключается flash / flex - вы можете использовать http-запросы, но было бы целесообразнее использовать xml socket .
Предложение Коэна Вейна о Мерапи выглядит неплохо, если вы не хотите создавать его самостоятельно (я также никогда не использовал его).