Просто мысль, но вы можете инвертировать (xor) поверх элемента, не превращая дерево в элемент управления для рисования владельцем. Я думаю, что это работает примерно так:
using (Graphics g = Graphics.FromHwnd(Tree.Handle))
{
TreeNode node = myBlinkyNode;
if (node != null)
{
using(Region myRegion = new Region(node.Bounds))
myRegion.Xor(xorRect);
}
}
Вам нужно будет следить за тем, виден ли миг или нет, и обрабатывать событие Paint, чтобы вы могли заново нарисовать перевернутый прямоугольник.