PhpStorm не хранит это нигде.CVS отслеживает, какие файлы были изменены, и уведомляет PhpStorm через плагин.Вам необходимо убедиться, что вы копируете хранилище CVS, куда бы вы ни установили и сконфигурировали файлы для хранения.
Почему бы в любом случае не зафиксировать изменения в CVS?Если вам нужно сделать резервную копию незафиксированных изменений, просто скопируйте папку вашего проекта, и все будет хорошо.