Установка биометил-пакета R Untar2 ошибка - PullRequest
0 голосов
/ 02 июля 2019

Я пытаюсь установить пакет Биометил в рамках стажировки по биоинформатике, над которой я работаю.Однако я не могу установить пакет правильно.Посмотрев ответы за последние несколько дней и потерпев неудачу, я обращаюсь к вам, ребята.В общем, ошибка, которую я не могу исправить, это ошибка untar2 (показанная ниже)

Я пробовал широкий спектр решений, ни одно из которых не сработало.Были предприняты следующие решения по некодированию:

i) Изменение каталога пакета, расположений, начиная от рабочего стола, до документов и в самой папке R

ii) Полное удалениеR и RStudio, а также повторная загрузка пакета

iii) Извлечение компонентов пакета вручную (неудачно)

iv) Обратившись к создателю, я увидел, что моя версияR (3.6) не является проблемой.Однако эта проблема, кажется, изолирована для меня, поскольку он не слышал о подобных проблемах от других пользователей.Благодаря этому взаимодействию я также считаю, что проблема с загруженным файлом не возникает.

v) Отключение всех других функций компьютера, которые могли помешать созданию или добавлению файлов, в основном отключало мой BitDefender, даже если все исправноразрешения были предоставлены R и Rstudio.

Что касается кода, то этот код должен работать так, как это предусмотрено github создателя (https://github.com/yuewangpanda/BioMethyl)

> install.packages("C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz", repos = NULL)

, которыйпривел к следующей ошибке

> install.packages("C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz", repos = NULL)
Installing package into ‘C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/win-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)

Error in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) : 
  incomplete block on file
Warning in install.packages :
  installation of package ‘C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz’ had non-zero exit status

Наряду с этим я попытался поменять местами косые черты, удвоить их, инвертировать их ориентацию (передняя косая черта вместо обратной косой черты).

Я также попытался добавитьtype = "source", что привело к той же ошибке.

Кроме того, я попытался запустить код непосредственно в консоль, опять же, он не работал.

Наконец, я попытался установить егонепосредственно из репозитория github, а не из загруженного файла, но это было невозможно из-за ограничений конфиденциальности репозитория github.

Заранее благодарю за помощь, а также, если есть какие-либо проблемы с форматом вопроса, пожалуйста, сообщите мне, и я отредактирую их соответствующим образом.

Дополнительная информация:

ОС: Windows10

R Версия:

> version
               _                           
platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          6.0                         
year           2019                        
month          04                          
day            26                          
svn rev        76424                       
language       R                           
version.string R version 3.6.0 (2019-04-26)
nickname       Planting of a Tree  

1 Ответ

0 голосов
/ 02 июля 2019

Я все выяснил, я оставлю здесь ответ на случай, если кто-нибудь еще столкнется с этой проблемой.

Кажется, проблема заключается в загрузке хранилища в целом, если вы загружаете .tar.Файл gz в разархивированном формате, он будет работать (по крайней мере, для меня)

Это точная ссылка, с которой я скачал свою копию файла, который работал для меня.

https://github.com/yuewangpanda/BioMethyl/blob/ffcba473a3b12a159ce2dfdaf63c4f63d84b40ef/BioMethyl_1.1.tar.gz

Best of Luck

Y.Lefol

...