Повлияет ли это каким-либо образом на уже развернутые приложения, разработанные с использованием .NET Framework?
Не следует, поскольку вы будете использовать другой пул приложений.Просто потому, что вы устанавливаете новый пакет, это может повлиять на другие проекты, это все равно что сказать, что «из-за того, что у вас есть FTP-сайт, мои другие сайты перестанут работать», что не соответствует действительности.
Иесли я правильно помню, я уже видел, как это работало раньше в среде тестирования в моей компании, когда мы переходили с .Net Framework на .Net Core, поэтому в течение нескольких месяцев мы уже работали и работали