Федерация только копирует сообщения, но не копирует действия с этими сообщениями. Они будут оставаться в другом кластере до тех пор, пока они не будут использованы или удалены.
Один из вариантов - установить TTL сообщения для другой очереди, чтобы сообщения автоматически удалялись через определенный период времени.
ПРИМЕЧАНИЕ: команда RabbitMQ отслеживает список рассылки rabbitmq-users
и только иногда отвечает на вопросы по StackOverflow.