В IDE исключения компилятора настраиваются в Настройках (Предпочтения) |Сборка, выполнение, развертывание |Компилятор | Исключает страницу настроек.
Но если это проект на основе Maven, исключение компилятора (как и другие параметры, связанные со сборкой) необходимо настроить через файлы pom.xml:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
<version>3.8.1</version>
<configuration>
<excludes>
<exclude>**/.#*</exclude>
</excludes>
</configuration>
</plugin>