Проблема здесь в том, что R не распознает переменную k, если вы поместите ее в строку.
Но на самом деле очень полезно поместить имя файла в переменную, если вы хотите использовать его снова и снова.
Можете ли вы попробовать
system(paste0("ls>", k))
Если это работает, вы также можете написать небольшую функцию:
"%&%" <- function(a, b)paste0(a, b)
И тогда вы можете сделать
system("ls>"%&%k)