Проблемы отрисовки rmarkdown с общего диска - PullRequest
Новая
       25

Проблемы отрисовки rmarkdown с общего диска

0 голосов
/ 19 марта 2019

Я не могу отобразить файл уценки, когда мой файл RMD находится на общем диске. Я использую rmarkdown версии 1.12, R версии 3.5.3, 64-битную Windows 10, pandoc 2.7.1.

Я не могу отобразить в HTML, PDF или Word DOC.

Это не удалось (в пути к моей папке нет пробелов или знаков пунктуации): 

rmarkdown::render("//cor.local/subfolders/Martin/aNewRMD.RMD")

Но это удается: 

rmarkdown::render("C:/Users/AM4337/Documents/aNewRMD.RMD")

(я просто использую новый .RMD-файл по умолчанию, который открывает RStudio).

Сообщение об ошибке: 

processing file: aNewRMD.RMD
  |.........                                                        |  14%
  ordinary text without R code

  |...................                                              |  29%
label: setup (with options) 
List of 1
 $ include: logi FALSE

  |............................                                     |  43%
  ordinary text without R code

  |.....................................                            |  57%
label: cars
  |..............................................                   |  71%
  ordinary text without R code

  |........................................................         |  86%
label: pressure (with options) 
List of 1
 $ echo: logi FALSE

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


output file: aNewRMD.knit.md

"C:/Pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS aNewRMD.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash+smart --output aNewRMD.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template "C:\Users\AM4337\Documents\R\win-library\3.5\rmarkdown\rmd\h\default.html" --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:bootstrap" --include-in-header "C:\Users\AM4337\AppData\Local\Temp\RtmpGoqMWG\rmarkdown-str421411883120.html" --mathjax --variable "mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" 
pandoc.exe: aNewRMD.utf8.md: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 1

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 19 марта 2019

Я считаю, что R не знает (пока), как произносить произвольные URI для сетевых ресурсов. Хотя я предполагаю, что некоторые функции (и другие пакеты) могут поддерживать другие схемы, на странице справки download.file написано 

 The function 'download.file' can be used to download a single file
 as described by 'url' from the internet and store it in
 'destfile'.  The 'url' must start with a scheme such as 'http://',
 'https://', 'ftp://' or 'file://'.

То, что вы делаете с "//cor.local/subfolders/Martin/aNewRMD.RMD", заставляет его говорить протокол обмена файлами Windows (smb, cifs и т. Д.) С хостом с именем cor.local (как-то аутентифицируясь) и переходить к соответствующему подкаталогу.

Мое предложение: сделать так, чтобы в Windows заранее работала с базовой аутентификацией, и «смонтируйте» ее так, чтобы каждое приложение на вашем локальном компьютере воспринимало его как «локальное», но монтировало его на букву диска: 

C:\Users\AM4337> net use /user:yourdomain\youruser g: \\cor.local\subfolders

(он должен запросить ваш пароль), а затем работать с / на нем локально с 

R> rmarkdown::render("G:/Martin/aNewRMD.RMD")
0 голосов
/ 16 июля 2019

У меня возникла та же проблема, когда несколько пользователей пытались запустить существующий процесс R после обновления организации до Windows 10: «Ошибка: преобразование документа pandoc завершилось ошибкой 1».

Изменение папки проекта напроект RStudio решил проблему.Проект RStudio устанавливает свой собственный рабочий каталог, используя локальный путь для каждого пользователя, поэтому заменяет сетевой путь локальным, буквенным путем.Спасибо @ r2evans за объяснение проблемы и включение этого обходного пути.

(Извиняюсь за отдельный ответ, у меня нет репутации комментировать ответ @ r2evans.)

...