Сначала убедитесь, что папка не была уже отслежена:
cd /path/to/repo
git rm -r --cached .idea/
Затем проверьте git status: добавить, зафиксировать (зарегистрировать удаление): .gitignore теперь должно действовать для этой папки.
Чтобы проверить, действует ли правило игнорирования папки:
git check-ignore -v -- .idea/a_file_inside_.idea_folder
Пока он ничего не возвращает, этот файл (внутри папки .idea) не игнорируется.
Эта команда git check-ignore будет считать все возможными игнорировать файлы, включая один core.excludesfile (в вашем случае установлен на ~/.gitignore_global)