Flyway имеет несколько вариантов интеграции.
Я пытаюсь определить преимущества и недостатки использования интеграции Gradle по сравнению с интеграцией Spring Boot, учитывая, что ваш проект уже использует Spring Boot и Gradle.
Единственное, о чем я могу думать, это о том, что если вы хотите выполнять миграцию без запуска приложения или хотите сэкономить время, не мигрируя при каждом запуске приложения, тогда выбор Gradle может быть лучше.