Это одна из многих проблем, связанных с программированием и дизайном сайтов. Различные браузеры отображают CSS по-разному (некоторые более соответствуют стандартам, чем другие). Internet Explorer печально известен своей ужасностью при рендеринге CSS.
Ваш единственный вариант - переосмыслить дизайн и создать новый, который работает в обоих браузерах с самого начала, или использовать условные комментарии для включения определенного CSS для конкретного браузера, например:
<!--[if IE 6]>
Special instructions for IE 6 here
<![endif]-->