Вместо использования селектора классов используйте селектор Id, чтобы написать код для двух таблиц по отдельности, например:
HTML:
<table class="display" id="table1Id"></table>
<table class="display" id="table2Id"></table>
JS:
$('table#table1Id').DataTable({
dom: 'f<br/>Btipr',
order: [[ 7, "asc" ]],
buttons: [{
extend: 'excelHtml5',
text: 'Save Table Excel',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'csv',
text: 'Save Table Csv',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'pdf',
text: 'Save Table PDF',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'colvis',
text: 'Columns',
className: "btn btn-outline-dark"
}]
});
$('table#table2Id').DataTable({
dom: 'f<br/>Btipr',
order: [[ 10, "asc" ]],
buttons: [{
extend: 'excelHtml5',
text: 'Save Table Excel',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'csv',
text: 'Save Table Csv',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'pdf',
text: 'Save Table PDF',
filename: input + "_Table",
className: "btn btn-outline-dark"
},{
extend: 'colvis',
text: 'Columns',
className: "btn btn-outline-dark"
}]
});