Согласно вашему коду это вам поможет.
$data = [];
while (($importdata = fgetcsv($file, 10000, ",")) !== FALSE) {
$row_count = count($importdata);
$temp_arr = [];
for($i = 0; $i < $row_count; $i++){
$temp_arr['COL'.($i+1)] = $importdata[$i];
}
$data[] = $temp_arr;
}
================= Update ========================
Вы можете проверить условия внутри этого цикла.
for($i = 0; $i < $row_count; $i++){
$temp_arr['COL'.($i+1)] = $importdata[$i];
}