Ошибка сегмента в fortran MPI_COMM_CREATE_GROUP, если используется группа, не созданная напрямую из MPI_COMM_WORLD - PullRequest
Новая
       88

Ошибка сегмента в fortran MPI_COMM_CREATE_GROUP, если используется группа, не созданная напрямую из MPI_COMM_WORLD

1 голос
/ 20 марта 2019

У меня ошибка сегментации, которую я не могу понять в простом коде, который просто:

  • вызывает MPI_INIT
  • , дублирует глобальный коммуникатор через MPI_COMM_DUP
  • создает группу с половиной процессов глобального коммуникатора через MPI_COMM_GROUP
  • , наконец, из этой группы создает новый коммуникатор через MPI_COMM_CREATE_GROUP

В частности, я использую этот последний вызоввместо того, чтобы просто использовать MPI_COMM_CREATE, потому что он только коллективный по группе процессов, содержащихся в группе, в то время как MPI_COMM_CREATE является коллективным по каждому процессу в COMM.Код следующий 

program mpi_comm_create_grp
  use mpi
  IMPLICIT NONE

  INTEGER :: mpi_size,  mpi_err_code
  INTEGER :: my_comm_dup, mpi_new_comm, mpi_group_world, mpi_new_group
  INTEGER :: rank_index
  INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: rank_vec

  CALL mpi_init(mpi_err_code)
  CALL mpi_comm_size(mpi_comm_world, mpi_size, mpi_err_code)

  !! allocate and fill the vector for the new group
  allocate(rank_vec(mpi_size/2))
  rank_vec(:) = (/ (rank_index , rank_index=0, mpi_size/2) /)

  !! create the group directly from the comm_world: this way works
  ! CALL mpi_comm_group(mpi_comm_world, mpi_group_world, mpi_err_code)

  !! duplicating the comm_world creating the group form the dup: this ways fails
  CALL mpi_comm_dup(mpi_comm_world, my_comm_dup, mpi_err_code)
  !! creatig the group of all processes from the duplicated comm_world
  CALL mpi_comm_group(my_comm_dup, mpi_group_world, mpi_err_code)

  !! create a new group with just half of processes in comm_world
  CALL mpi_group_incl(mpi_group_world, mpi_size/2, rank_vec,mpi_new_group, mpi_err_code)

  !! create a new comm from the comm_world using the new group created
  CALL mpi_comm_create_group(mpi_comm_world, mpi_new_group, 0, mpi_new_comm, mpi_err_code)

  !! deallocate and finalize mpi
  if(ALLOCATED(rank_vec)) DEALLOCATE(rank_vec)
  CALL mpi_finalize(mpi_err_code)
end program !mpi_comm_create_grp

Если вместо дублирования COMM_WORLD я напрямую создаю группу из глобального коммуникатора (закомментированная строка), все работает просто отлично.

Параллельный отладчик, который я использую, отслеживает ошибку seg до вызова MPI_GROUP_TRANSLATE_RANKS, но, насколько мне известно, MPI_COMM_DUP дублирует все атрибуты скопированного коммуникатора, рангинумерация включена.

Я использую версию ifort 18.0.5, но я также пробовал с 17.0.4 и 19.0.2 без лучших результатов.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 11 апреля 2019

Как предложено в комментариях, которые я написал в список пользователей openmpi, и они ответили

Это совершенно верно. Процессы MPI, которые составляют группу, являются частью коммуникационного мира. Я бы подал ошибку с Intel MPI.

Поэтому я пытаюсь опубликовать вопрос на форуме Intel. Это ошибка, которую они решили в последней версии libray, 19.3.

0 голосов
/ 02 апреля 2019

Ну, это немного сложно, по крайней мере для меня, но после некоторых тестов и помощи, корень проблемы был найден.

В коде 

CALL mpi_comm_create_group(mpi_comm_world, mpi_new_group, 0, mpi_new_comm, mpi_err_code)

Создает новый коммуникатор для группы mpi_new_group, созданной ранее.Однако mpi_comm_world, который используется в качестве первого аргумента, не находится в том же контексте, что и mpi_new_group, как объяснено в mpich reference :

MPI_COMM_DUPсоздайте новый коммуникатор в той же группе, что и comm, но с новым контекстом

Таким образом, правильный вызов будет: 

CALL mpi_comm_create_group(my_comm_copy, mpi_new_group, 0, mpi_new_comm, mpi_err_code)

Т.е., заменив mpi_comm_world на my_comm_copy это то, из чего был создан mpi_group_world.

Я до сих пор не уверен, почему он работает с OpenMPI, но, как правило, более терпим с такими вещами.

...