Это зависит от того, какой двигатель вы используете. Если вы используете MyISAM, производительность будет невероятно плохой, если у вас больше таблиц, чем размер кэша таблиц, установленный в my.cnf.
Очень важно установить для кэша таблиц> общее количество таблиц, в противном случае придется продолжать открывать и закрывать таблицы, что приводит к выбросу кэша индекса в буфере ключей, что означает кучи ненужного ввода-вывода.
Не имеет значения, если вы используете несколько баз данных или одну и ту же, кеш таблиц для MyISAM имеет безопасный эффект.
То же самое может случиться и с другими движками, но я думаю, что эффект гораздо менее выражен (например, InnoDB не теряет кеш при закрытии таблицы, но все еще не свободен)