Итак, известно, что XDebug не работает со многими инструментами Zend (я точно знаю Zend Optimizer, я не знаю о Zend Debugger, но я не удивлюсь, если в XDebug есть встроенная проверка для этого).
Поскольку вы запускаете отладчик и профилировщик на компьютере разработчика, я не понимаю, почему вы не можете поддерживать два отдельных INI-файла. В противном случае вам придется скомпилировать собственную версию, которая обходит проверки.