Номер 2 наиболее целесообразен, если это только ваши 3 варианта.
Я думаю, что если бы я создал эту модель, я бы использовал следующую модель (небольшая модификация, просто стараясь максимально приблизиться к вашим идеям):
Объект прохода может иметь список объектов категории, объект категории может содержать список объектов элемента внутри него, , и элемент связан с категорией И проходом.
Кажется, моя модификация больше касается данных.
Причина, по которой я бы это сделал, заключается в том, что кто-то говорит: "Эй, я ищу этот конкретный предмет, в каком проходе он находится?" - 1 поиск даст вам ответ. в то время как с вашей моделью данных вам потребуется 2 поиска.
По крайней мере, я так думаю об этом.