Кажется, есть расширение ffmpeg для PHP .
При быстром поиске, что-то вроде этого должно работать:
$movie = new ffmpeg_movie('foo.flv');
$frame = $movie->getFrame(1234);
imagefromjpeg($frame, 'foo.jpeg');
imagedestroy($frame);
Конечно, это означает, что эти расширения необходимо добавить в текущую установку PHP.