Ошибка в plot.new (): слишком большие поля в пакете HDBSCAN - PullRequest
Новая
       35

Ошибка в plot.new (): слишком большие поля в пакете HDBSCAN

0 голосов
/ 25 апреля 2019

Я делаю кластеризацию данных RNA-seq, используя R и R studio в Linux, и при попытке использовать hdbscan в моих данных я получаю действительные кластеры. 

  cl <- hdbscan(df,  minPts = 3)

Но при построении я получаю 

  plot(df, col=cl$cluster+1, pch=20)
  "Error in plot.new() : figure margins too large"

При проверке результатов hdbscan я вижу, что полученная высота очень велика: 

     cl[["hc"]][["height"]]

     [1]  21700.57  21700.57  26027.15  26027.15  27221.11  29063.11  30080.87  30080.87  34803.54  34803.54  34803.54  35775.50  35886.08
     [14]  35963.29  36803.33  38893.20  38977.56  39630.96  39932.62  42301.11  44773.94  49477.12  59399.24  66437.75  69400.31  75655.63
     [27] 119629.50 162734.23

Я попытался разделить эту высоту: 

   cl[["hc"]][["height"]] = cl[["hc"]][["height"]]/10000

безуспешно. Я также попробовал: 

 x11() #to open a new R window

 #increasing the graph area size by dragging

 par(mar = rep(2, 4)) #also with many other values

 #clearing all plots

 graphics.off()
 par("mar")
 par(mar=c(1,1,1,1))

 pdf("teste.pdf")
 plot(df, col=cl$cluster+1, pch=25)
 dev.off()

Есть идеи?

...