Я бы сделал это с противоположной стороны. Если ваша проблема - просто файлы конфигурации, переместите их в папку конфигурации и сохраните их там. На данный момент dotnet опубликует ваш проект + фреймворк (если вы используете автономный флаг).
Вы можете настроить aspnetcore для использования файлов
config.AddJsonFile("config/appsettings.json", optional: false, reloadOnChange: false);
Итак, эта папка будет сверху и станет более доступной
Да, в корневой папке все еще находится файл web.config, но в моем проекте этот файл обычно одинаков для всех сред. Но опять же, это зависит от того, где вы развертываете, потому что, если вы развертываете в среде, отличной от IIS, вам это даже не нужно