Вы также можете отключить видимость ручки. Это намного проще, чем устанавливать каждый график как h1 = ...
Пример:
x1 = randperm(10);
y = randperm(10);
x2 = randperm(10);
plot(x1, y, '-', 'Color', 'black', 'HandleVisibility', 'off')
hold on
plot(x2, y, '-', 'Color', 'green', 'DisplayName', 'Put This In Legend')
lgd = legend;
set(lgd, 'Location', 'best')